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Matlab实现DBSCAN算法(每行代码标注详细注解)

2023-04-13

本文主要为了完成平日作业,并进一步加深对算法的理解。也希望对来访的读者有所帮助。目录一、什么是DBSCAN算法二、DBSCAN算法的意义三、DBSCAN算法代码解析1.关键概念2.大致思路3.对照每行代码的详细注解  (1)DBSCAN.m文件注解如下:(2)mydata.mat

本文主要为了完成平日作业,并进一步加深对算法的理解。也希望对来访的读者有所帮助。


目录

一、什么是DBSCAN算法

二、DBSCAN算法的意义

三、DBSCAN算法代码解析

1.关键概念

2.大致思路

3.对照每行代码的详细注解   

(1)DBSCAN.m文件注解如下:

(2)mydata.mat文件注解如下:

(3)PlotClusterinResult.m文件注解如下:

(4)main.m文件注解如下:

四、总结


一、什么是DBSCAN算法

        DBSCAN基于高密度连通区域的、基于密度的聚类算法,能够将具有足够高密度的区域划分为,并在具有噪声的数据中发现任意形状的簇。简单来说,DBSCAN目的就是找到密度相连对象的最大集合。其原理的基本要点有:DBSCAN算法需要选择一种距离度量,对于待聚类的数据集中,任意两个点之间的距离,反映了点之间的密度,说明了点与点是否能够聚到同一类中。由于DBSCAN算法对高维数据定义密度很困难,所以对于二维空间中的点,可以使用欧几里德距离来进行度量。

二、DBSCAN算法的意义

       首先,就得提到聚类算法。聚类算法可以聚类分析利用数据内部簇结构和模式进行分类,不需要对样本进行训练得到先验知识,降低了计算复杂度。引入深度学习对数据内部结构和模式进行特征学习,得到数据的初步聚类,再对初步聚类进行不断优化得到最终的分类效果。实验结果表明,算法很好地解决了信息全面与维数灾难的矛盾,具有良好的实用性和主观一致性。

        而DBSCAN聚类算法广泛应用于人脸识别以及交通等领域。

三、DBSCAN算法代码解析

1.关键概念

Eps 参数:定义密度时的邻域半径;

MmPts 参数:定义核心点时的阈值; 

Ε邻域:给定对象半径为Ε内的区域称为该对象的Ε邻域;

核心对象:如果给定对象Ε领域内的样本点数大于等于MinPts,则称该对象为核心对象;

直接密度可达:对于样本集合D,如果样本点q在p的Ε领域内,并且p为核心对象,那么对象q从对象p直接密度可达;

密度可达:对于样本集合D,给定一串样本点p1,p2….pn,p= p1,q= pn,假如对象pi从pi-1直接密度可达,那么对象q从对象p密度可达;

密度相连:存在样本集合D中的一点o,如果对象o到对象p和对象q都是密度可达的,那么p和q密度相联。

2.大致思路

        DBSCAN 算法对簇的定义很简单,由密度可达关系导出的最大密度相连的样本集合,即为最终聚类的一个簇。DBSCAN 算法的簇里面可以有一个或者多个核心点。如果只有一个核心点,则簇里其他的非核心点样本都在这个核心点的 Eps 邻域里。如果有多个核心点,则簇里的任意一个核心点的 Eps 邻域中一定有一个其他的核心点,否则这两个核心点无法密度可达。这些核心点的 Eps 邻域里所有的样本的集合组成一个 DBSCAN 聚类簇。
       DBSCAN算法的描述如下:

  • 输入:数据集,邻域半径 Eps,邻域中数据对象数目阈值 MinPts;
  • 输出:密度联通簇。

      具体处理流程如下:
1)从数据集中任意选取一个数据对象点 p;
2)如果对于参数 Eps 和 MinPts,所选取的数据对象点 p 为核心点,则找出所有从 p 密度可达的数据对象点,形成一个簇;
3)如果选取的数据对象点 p 是边缘点,选取另一个数据对象点;
4)重复(2)、(3)步,直到所有点被处理。

3.对照每行代码的详细注解   

(1)DBSCAN.m文件注解如下:

  1. %
  2. % Copyright (c) 2015, Yarpiz (www.yarpiz.com)
  3. % All rights reserved. Please read the "license.txt" for license terms.
  4. %
  5. % Project Code: YPML110
  6. % Project Title: Implementation of DBSCAN Clustering in MATLAB
  7. % Publisher: Yarpiz (www.yarpiz.com)
  8. %
  9. % Developer: S. Mostapha Kalami Heris (Member of Yarpiz Team)
  10. %
  11. % Contact Info: sm.kalami@gmail.com, info@yarpiz.com
  12. %
  13. //上面的部分应该是运行前的加载文件,不做过多解读
  14. function [IDX, isnoise]=DBSCAN(X,epsilon,MinPts) //DBSCAN聚类函数
  15. C=0; //统计簇类个数,初始化为0
  16. n=size(X,1); //把矩阵X的行数数赋值给n,即一共有n个点
  17. IDX=zeros(n,1); //定义一个n行1列的矩阵
  18. D=pdist2(X,X); //计算(X,X)的行的距离
  19. visited=false(n,1); //创建一维的标记数组,全部初始化为false,代表还未被访问
  20. isnoise=false(n,1); //创建一维的异常点数组,全部初始化为false,代表该点不是异常点
  21. for i=1:n //遍历1~n个所有的点
  22. if ~visited(i) //未被访问,则执行下列代码
  23. visited(i)=true; //标记为true,已经访问
  24. Neighbors=RegionQuery(i); //查询周围点中距离小于等于epsilon的个数
  25. if numel(Neighbors)<MinPts //如果小于MinPts
  26. % X(i,:) is NOISE
  27. isnoise(i)=true; //该点是异常点
  28. else //如果大于MinPts,且距离大于epsilon
  29. C=C+1; //该点又是新的簇类中心点,簇类个数+1
  30. ExpandCluster(i,Neighbors,C); //如果是新的簇类中心,执行下面的函数
  31. end
  32. end
  33. end //循环完n个点,跳出循环
  34. function ExpandCluster(i,Neighbors,C) //判断该点周围的点是否直接密度可达
  35. IDX(i)=C; //将第i个C簇类记录到IDX(i)中
  36. k = 1;
  37. while true //一直循环
  38. j = Neighbors(k); //找到距离小于epsilon的第一个直接密度可达点
  39. if ~visited(j) //如果没有被访问
  40. visited(j)=true; //标记为已访问
  41. Neighbors2=RegionQuery(j); //查询周围点中距离小于epsilon的个数
  42. if numel(Neighbors2)>=MinPts //如果周围点的个数大于等于Minpts,代表该点直接密度可达
  43. Neighbors=[Neighbors Neighbors2]; %#ok //将该点包含着同一个簇类当中
  44. end
  45. end //退出循环
  46. if IDX(j)==0 //如果还没形成任何簇类
  47. IDX(j)=C; //将第j个簇类记录到IDX(j)中
  48. end //退出循坏
  49. k = k + 1; //k+1,继续遍历下一个直接密度可达的点
  50. if k > numel(Neighbors) //如果已经遍历完所有直接密度可达的点,则退出循环
  51. break;
  52. end
  53. end
  54. end //退出循环
  55. function Neighbors=RegionQuery(i) //该函数用来查询周围点中距离小于等于epsilon的个数
  56. Neighbors=find(D(i,:)<=epsilon);
  57. end
  58. end

(2)mydata.mat文件注解如下:

原始数据是很明显是二维数据,也即是平面中的点。源码中的数据展示如下:

(4月18日补充:这里有很多读者在问是什么,补充一下。这是所有点的初始坐标,每一行代表一个点的横坐标和纵坐标,如图有1000*2行的数据,说明有1000个数据,并且第一个数据的坐标为(0.8514,-0.4731),第二个数据的坐标为(-0.0143,0.6897),依次类推,当然这些数据是官网上的数据,自己在应用时可以产生自己的数据)

(3)PlotClusterinResult.m文件注解如下:

  1. %
  2. % Copyright (c) 2015, Yarpiz (www.yarpiz.com)
  3. % All rights reserved. Please read the "license.txt" for license terms.
  4. %
  5. % Project Code: YPML110
  6. % Project Title: Implementation of DBSCAN Clustering in MATLAB
  7. % Publisher: Yarpiz (www.yarpiz.com)
  8. %
  9. % Developer: S. Mostapha Kalami Heris (Member of Yarpiz Team)
  10. %
  11. % Contact Info: sm.kalami@gmail.com, info@yarpiz.com
  12. %
  13. //上面的程序依旧应该是加载文件,不做过多的解析
  14. function PlotClusterinResult(X, IDX) //绘图,标绘聚类结果
  15. k=max(IDX); //求矩阵IDX每一列的最大元素及其对应的索引
  16. Colors=hsv(k); //颜色设置
  17. Legends = {};
  18. for i=0:k //循环每一个簇类
  19. Xi=X(IDX==i,:);
  20. if i~=0
  21. Style = 'x'; //标记符号为x
  22. MarkerSize = 8; //标记尺寸为8
  23. Color = Colors(i,:); //所有点改变颜色改变
  24. Legends{end+1} = ['Cluster #' num2str(i)];
  25. else
  26. Style = 'o'; //标记符号为o
  27. MarkerSize = 6; //标记尺寸为6
  28. Color = [0 0 0]; //所有点改变颜色改变
  29. if ~isempty(Xi)
  30. Legends{end+1} = 'Noise'; //如果为空,则为异常点
  31. end
  32. end
  33. if ~isempty(Xi)
  34. plot(Xi(:,1),Xi(:,2),Style,'MarkerSize',MarkerSize,'Color',Color);
  35. end
  36. hold on;
  37. end
  38. hold off; //使当前轴及图形不在具备被刷新的性质
  39. axis equal; //坐标轴的长度单位设成相等
  40. grid on; //在画图的时候添加网格线
  41. legend(Legends);
  42. legend('Location', 'NorthEastOutside'); //legend默认的位置在NorthEast,将其设置在外侧
  43. end //结束循环

(4)main.m文件注解如下:

  1. %
  2. % Copyright (c) 2015, Yarpiz (www.yarpiz.com)
  3. % All rights reserved. Please read the "license.txt" for license terms.
  4. %
  5. % Project Code: YPML110
  6. % Project Title: Implementation of DBSCAN Clustering in MATLAB
  7. % Publisher: Yarpiz (www.yarpiz.com)
  8. %
  9. % Developer: S. Mostapha Kalami Heris (Member of Yarpiz Team)
  10. %
  11. % Contact Info: sm.kalami@gmail.com, info@yarpiz.com
  12. %
  13. //上面的代码又应该是加载程序,这里不做过多解释
  14. clc; //清理命令行的意思
  15. clear; //清楚存储空间的变量,以免对下面的程序运行产生影响
  16. close all; //关闭所有图形窗口
  17. %% Load Data //定义data.mat数据文件加载模块
  18. data=load('mydata'); //数据读取
  19. X=data.X;
  20. %% Run DBSCAN Clustering Algorithm //定义Run运行模块
  21. epsilon=0.5; //规定两个关键参数的取值
  22. MinPts=10;
  23. IDX=DBSCAN(X,epsilon,MinPts); //传入参数运行
  24. %% Plot Results //定义绘图结果模块
  25. PlotClusterinResult(X, IDX); //传入参数,绘制图像
  26. title(['DBSCAN Clustering (\epsilon = ' num2str(epsilon) ', MinPts = ' num2str(MinPts) ')']);

四、总结

上面四个部分是DBSCAN算法的完整代码,有需要data.X文件数据的可以私聊我,我可以发给你,当然在实际应用中是根据自己的实际使用数据进行操作的。

以上就是对于DBSCAN算法每行代码详细注解的全部内容啦,希望对大家有所帮助,快快收藏,好好学习这个算法吧!我也很乐意与读者进行探讨!

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